兴教寺建于唐朝总章二年，距今1344年。玄奘法师、窥基法师、圆测法师，中国唯识宗两辈三祖的最终安葬地。

因玄奘法师和唯识宗在佛教，乃至世界文化中的标志性地位，受到历代官方保护和重视。

民国关中大旱，饿殍遍野，朱子桥受印光法师嘱托在陕西放赈。朱子桥与兴教寺的僧人妙法、妙阔等展开了“以工代赈”的救济活动，救民于倒悬。

民国二十一年戴季陶、居觉生来陕视察，并大力倡修兴教寺，“盖以佛法救正人心，尤探拨乱反治之本原也”致使“盛唐人心大定，文物昌明，国运因之兴隆。”得到国民政府党政要员逐个蒋介石、白崇禧、阎锡山等人的大方捐助

民国二十八年程潜先生再次倡修兴教寺，“并电明中央冠护国二字于兴教寺，用示拥护国家振兴佛教之之微意”得到国民中央政府的同意。

1949年以来，兴教寺为新中国的外交事业翻开了新场面。周恩来总理陪同印度总理尼赫鲁来此参观访问。

1961年被国务院决议定为“全国重点文物维护单位”。

1982年来，在政府有关部门和中国佛教协会赵朴初的领导和指示下，中国政府和东南亚佛教国家的民间社团联合斥资进行了大范围的修葺和扩建。

1983年，兴教寺被定为汉族地区全国重点寺院。兴教寺在佛教的发展史上，特别是新中国对外友好交际中，起到过积极巨大的作用，历史地位不可动摇。如今各国佛教徒和学者一致视兴教寺为信仰和道德文化的净土，源源不断的来朝拜。

2000年以后，兴教寺的大型宗教活动增多，特别是每年的护国息灾水陆法会，在全国和东南亚佛教界都享有很高名誉。兴教寺作为一所宗教活动场所所具有的社会意义，对教化人心，传承文明的现实意义无法取代。

玄奘精神需要信仰传承下去，美丽中国需要一座有僧人的护国兴教寺。